گرچه نمایه سازی منابع اسلامی در مرکز اطلاعات و مدارک اسلامی ( که سابقا مرکز مطالعات و تحقیقات اسلامی خوانده می شد) از سال های ۱۳۶۹ و ۱۳۷۰ آغاز و به طور آزمایشی مجلات و نشریات علمی کشور و پس از چندی آثار علامه شهید مطهری (ره) در دستور کار قرار گرفت ولیکن بخاطر نداشتن اصطلاح نامه مصوب و احساس ضرورت تدوین آن ، در حدود ده سال نمایه سازی تعطیل گردید.
اما پس از تدوین و تصویب اصطلاح نامه های تخصصی علوم اسلامی ، بار دیگر نمایه سازی در دستور کار قرار گرفت و نخستین نمایه سازی تخصصی منابع اسلامی  ، علم اصول فقه بود که در سال ۱۳۸۲ کار پژوهشی آن آغاز گردید . پس از آن منابع علوم قرآنی و بعد از آن منابع علم کلام اسلامی نیز در دستور نمایه سازی قرار گرفتند.
به هر روی ، اسامی منابعی که نمایه سازی شده و در قالب نرم افزار و یا پایگاه تخصصی عرضه شده و یا در مرحله تدوین و تکثیر هستند به شرح ذیل می باشد:


۱) آثار و تألیفات استاد شهید آیت الله مرتضی مطهری (ره)

متن ۹۰ جلد ( در ۵۹ عنوان ) از کتاب های علامه شهید مرتضی مطهری (ره) توسط محققان مرکز نمایه سازی شد و در قالب یک نرم افزار تولید و توزیع گردید . دسترسی به محتوای هر یک از آثار شهید مطهری (ره) از طریق نمایه ها ، کلید واژه ها ، الفاظ و کلمات و یا ترکیبی از آن ها امکان پذیر می باشد.
این نرم افزار ، بخاطر دربر داشتن افکار و اندیشه های علامه شهید مطهری (ره) مورد استقبال جوانان و دانش پژوهان قرار گرفت و تا کنون بارها تکثیر و توزیع گردید.
علاوه بر توزیع رایگان ده ها هزار مورد آن در قالب نرم افزار تحت داس ، بیش از سی هزار نسخه در نرم افزار تحت ویندوز با نام " مطهر ۳ " تکثیر و توزیع شد.
ولی با این حال ، نرم افزار مطهر نیاز به بازنگری و ارتقای برنامه ای و تکمیل نمایه سازی کتاب های جدید النشر آن علامه بزرگ دارد که انشاء الله مرکز اطلاعات و مدارک اسلامی به آن اقدام نماید.

شایان ذکر است که حضرت امام خمینی (قدس سره ) توصیه و تاکید فراوانی بر استفاده علمی و فکری از آثار این شهید والا مقام داشته و آثار ایشان را کلا تایید نمودند.

۲) مجموعه آثار علامه فرزانه آیت الله حسن زاده آملی (دامت برکاته)
آثار و کتاب های علامه فرزانه آیت الله حسن زاده آملی ( دامت برکاته ) نیز در دستور نمایه سازی قرار گرفت ولیکن به عللی ناتمام ماند و به همان مقداری که توسط محققان نمایه شده بود توسط مرکز اطلاعات و مدارک اسلامی با نام " نجم " تکثیر و توزیع گردید و لیکن این نرم افزار نیز ( هم از جهت برنامه نویسی و هم از جهت تکمیل نمایه سازی و افزودن متون ) نیاز به بازنگری جدی دارد و به نظر می آید که کاری لازم و ضروری برای مرکز باشد .

۳) مجلات و نشریات کشور
حدود ۳۰ عنوان روزنامه ( اعم از روزنامه های معمولی و ویژه نامه ها و پیوست ها ) که عموما فارسی و تنها یک مورد عربی و حدود ۸ ۹ عنوان مجلات ( اعم از هفته نامه ها ، ماهنامه ها و فصل نامه ها ) که عموما فارسی و تنها سه مورد عربی بودند ، برای نخستین بار توسط محققان مرکز نمایه سازی شدند .
روزنامه ها ازآغاز سال ۱۳۶۷ تا آخر سال ۱۳۷۵ به مدت ۹ سال و مجلات معمولا از شماره های نخستین تا آخرین شماره آخرین ماه سال ۱۳۷۵ در برنامه " نمایه " قرار گرفتند .

لازم به یادآوری است که مجموع نمایه های مجلات و روزنامه ها در قالب یک نرم افزار تحت داس به نام " نمایه مطبوعات " تکثیر و توزیع گردید و با استقبال اقشار مختلف دانش پژوهان و فرهنگیان کشور مواجه گردید و سالیان زیادی در بانک اطلاعات دفتر تبلیغات اسلامی مورد استفاده محققان و کاربران قرار می گرفت .
ولیکن مع الاسف در آخر سال ۱۳۷۵ نمایه سازی آن ها تعطیل و کارهای ارتقای نرم افزاری نیز به فراموشی سپرده شد.

۴) مجموعه آثار حجت الاسلام و المسلمین فلسفی (ره)

تعداد ۱۳ جلد از کتاب های خطیب توانا و شهیر کشورمان مرحوم حجت الاسلام والمسلمین محمد تقی فلسفی ( ره )نمایه سازی شده و در قالب یک برنامه نرم افزار به نام " خطیب " تکثیر و توزیع گردید و به طور نسبی مورد استقبال کاربران قرارگرفت . این برنامه نیز هم از جهت نمایه سازی و افزودن متن الکترونیکی و هم از جهت ارتقای نرم افزاری نیاز به بازنگری و تکمیل دارد .

۵) منابع علم اصول فقه

نمایه منابع اصول فقه به انگیزه برنامه رایانه ای " اصطلاح نامه اصول فقه " که بعدها به " پایگاه تخصصی اصول فقه " تغییر نام یافت ، آغاز و با راه کارهای جدیدی ادامه یافت .
پروژه پایگاه تخصصى اصول فقه در سال ۱۳۸۲ کلید خورد و در سال ۱۳۸۵ به پایان رسید.در این پایگاه ۱۲۰ جلد از کتاب های علم اصول فقه ( در ۴۰ عنوان ) اعم از کتب اصولیون شیعه و اهل سنت بر اساس اصطلاح نامه اصول فقه نمایه سازی شدند و متن کامل ۳۷۶ جلد از کتب اصولی در دسترس کاربران قرار داده شده است.
این پایگاه تخصصی نیز تکثیر و توزیع گردید و با استقبال علما ، فضلا و طلاب حوزه های علمیه قرار گرفت. 

۶) منابع علوم قرآنی

نمایه سازی منابع " علوم قرآنی " با راهنمایی و ارشادات آغازین علامه محمد هادی معرفت (ره) و با تغییر مختصر در روش کار ، در اوائل سال ۱۳۸۶ شروع و در اوائل سال ۱۳۸۸ به پایان رسید.

در نمایه سازی منابع علوم قرآنی جهت اطمینان و اتقان بیشتر ، پس از پایان نمایه سازی در دو مرحله مورد کنترل قرار گرفته و از سوی متخصصان این رشته تخصصی مورد ارزیابی قرار گرفت.
از منابع علوم قرآنی حدود ۵۰ جلد از منابع اصلی و معتبر آن ها با استفاده از اصطلاح نامه تخصصی علوم قرآنی نمایه شده و در آینده نزدیک در قالب یک برنامه رایانه ای با نام " پایگاه تخصصی علوم قرآنی " تکثیر و توزیع می گردد.

۷) آثار علوم قرآنی آیت الله محمد هادی معرفت
مجموعه آثار آیت الله محمد هادی معرفت (ره) در علوم قرآنی که به تازگی تحت عنوان " التمهید فی علوم القرآن " در ۱۰ جلد منتشر گردید ، از سوی محققان گروه پژوهشی نمایه سازی در اواخر سال ۱۳۸۷ نمایه سازی شدند و در قالب یک نرم افزاری به نام " التمهید " تکثیر و توزیع گردید.

۸) منابع کلام اسلامی
کلام اسلامی ، یکی از رشته های جذاب علوم اسلامی بوده و در جوامع دینی دارای طرفداران فراوانی می باشد و برای   ارتقای علمی و فکری مسلمانان نقش بارزی را ایفا می کند . بدین جهت تصمیم گرفته شد این رشته نیز همانند اصول فقه و علوم قرآنی مورد نمایه سازی قرار گیرد.
از اوائل سال ۱۳۸۸ منابع اصلی و معتبر کلامی در دستور نمایه سازی قرار گرفت و تا کنون ( آبان ۱۳۸۸ ) بیش از ۴۰ جلد از آن ها نمایه شده و در در مرحله کنترل قرار دارند و تلاش خواهد شد تا پایان سال جاری نمایه تمامی منابعی که تعین شده اند به پایان برسد و در اوائل سال آینده در قالب یک پایگاه تخصصی منتشر گردد.